我的世界在1.12中会刷出只有两层才能刷出女巫小屋吗?

请直接提供截图。
结构覆盖是生成地图时常发生的事情，同一地点生成两个甚至多个同样的结构不是不可能。由于靠后生成的结构会破坏之前的结构，因此会导致前一个结构失效。
按照您的情况来看，两个女巫小屋刚好生成在了一起，根据自下至上的区块加载规则，高处的结构会覆盖低处的结构（除非关闭了垂直同步），导致了上方正常的小屋可以刷女巫，下方被破坏的小屋因光线昏暗刷新普通怪物。