中国大陆护照持有者可以在香港申请南非签证吗

可以，在任何一个国家和地区，想去别的国家，只要到想去国家驻所在国的使领馆申请签证就可以，签证下来就可以走人了。
拿着你的中国护照，到南非驻香港领事馆申请签证。签证下来就可以去南非了，只是俺不知道香港有没有南非领事馆，如果没有，你只能到北京的南非大使馆去办理签证了。