营业执照上的公司注册类型为：有限责任公司（自然人独资），税务登记证上的注册类型为：私营有限责任公司

这是税务的不专业.因为有限责任公司可以分为几种,其中有限责任公司（自然人独资）为一人有限公司,也就是说出资人一个人,这是新公司的规定的,要求注册资本为十万以上就可以.你和税务说明这种情况就可以了.另外税务所说的个人独资企业为没有注册资本的,并以中心或部等做为组织形式,是不一样的.