，出院的时候由于系统问题，没有办理好合作医疗补偿，是去年10月住院的了，现在还可以办理补偿吗

农村合作医疗 一般在出院一个月之内办理，最多也不能过阳历年。你是2012年十月住院的最迟报销时间为2012年12月31日。