预测miRNA结合位点的工具很多,以TargetScan为代表的工具,利用结合位点的保守性进行预测,对于大部分保守的结合位点而言其准确性较好,然而还是有部分miRNA结合位点是非常规的,在物种间并不保守,对于这部分位点的预测,就需要在算法上进行改进。
miRanda软件通过以下两个因素来判断miRNA结合位点
miRNA和mRNA间的序列互补匹配程度
形成的复合结构的自由能
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